На юго-востоке Горного Алтая темнохвойная тайга поднимается до 2500 м над уровнем моря. Она состоит, в основном, из сибирского кедра, ели и пихты, и покрывает северные склоны горных хребтов. Под ними растут мхи, кустарники и полукустарники — жимолость, черника, брусника.
Кедр — не только легендарное украшение Алтая, но и важная кормовая база для множества птиц и зверей. Большой урожай шишек случается раз в 3-4 года, а в неурожайный год нелегко приходится медведю — основной жир к зимней спячке он нагуливает на калорийных кедровых орешках. Среди кедров тоже встречаются долгожители — до 800 лет.
По каменистым скалам до высоты 2000 м над уровнем моря встречается лекарственный бадан. Его тёмные, высохшие прошлогодние листья заваривают как тонизирующий чай со свойствами антибиотика. Можно отыскать здесь и сильный адаптоген — маралий корень.
Внутри горной области лесной пояс нередко прерывается, и на южных склонах появляются степные участки. Их покрывают мятлики, гвоздики и полыни. На открытых солнцу просторах в изобилии растёт курильский чай — невысокий кустарник с красивыми жёлтыми цветами. Листочки его можно заваривать, это хорошее общеукрепляющее, жаропонижающее и потогонное средство. Хорош он и при расстройствах желудочно-кишечного тракта. А крепкий отвар, настоянный 2-3 часа, помогает при ожогах и порезах.
В центральной и западной частях Горного Алтая много лугов. Субальпийские заполняет бодяк разнолистный, герань белоцветная, купальницы и родиола розовая — целебный золотой корень, мощный адаптоген и афродизиак, не уступающий женьшеню.
Травяной покров альпийских лугов невысок. Сочетание одновременно цветущих оранжевых огоньков, жёлтых маков, синих водосборов, тёмно-синих горечавок и змееголовников делает его исключительно живописным.
Чем выше, тем беднее, грубее и жёстче растительность. Для полупустынных Чуйской и Курайской котловин, долин Башкауса, Чулышмана и высокогорного плоскогорья Укок характерны ковыли, качим и осока. Большую часть лета степь однотонна, и лишь весной на короткое время она вспыхивает разноцветными красками.
Из альпийских лугов до высоты 2500 м могут подниматься карликовые берёзки, которые иногда образуют такие заросли-курумы, по которым почти невозможно пробираться без тропы.
В горном поясе до 3000 м встречается самая устойчивая к суровым условиям алтайская флора — тундровая. Это мхи, лишайники и микроскопические водоросли в ручьях и озёрах, питаемых вечными льдами.
Многие растения можно использовать в пищу в походах. Например, щавель, молодую крапиву, медунку мягчайшую. Особенно ценятся черемша-колба и лук-слизун. Такие виды, как дикая мята, чабрец и горец перечный хороши в качестве приправ. А для походного чая отлично сгодятся листья брусники, дикой малины и душицы.
Но не следует забывать и об опасной зелени — здесь хватает и белены, и чемерицы, и вороньего глаза, и борщевика. На берегах не редкость вех ядовитый, омежник, крапчатый болиголов и поручейник. Броская, яркая окраска цветов и плодов должны настораживать.